Entre Las gracias que Francisco reconoce en el Testamento haber recibido de Dios luego de su conversión destaca la fe en el sacerdocio y en la presencia eucarística de Cristo.

Los “sagrados misterios” de la Eucaristía son, ante todo, tal como él los ve, “la recepción del cuerpo y de la sangre de nuestro Señor Jesucristo”. Y la comunión no es un encuentro individual del alma con Cristo, sino la participación en su Pasión, que en ella se conmemora. La misma presencia real es contemplada principalmente como la perpetuación sobre la tierra de la redención operada en la inmolación de la cruz.

Os ruego a todos vosotros, hermanos, besándoos los pies y con la mayor caridad que puedo -escribe al capítulo general-, que tributéis toda la reverencia y todo el honor que podáis al santísimo cuerpo y a la santísima sangre del Señor nuestro Jesucristo, en quien han sido pacificadas y reconciliadas con Dios omnipotente todas las cosas que están en el cielo y en la tierra [Carta al Capítulo general, 1, p. 56]

El Cristo presente bago el misterio venerando no es el Cristo del recuerdo piadoso, contemplado en la vida terrena, sino el Cristo viviente y vivificante en en la plenitud de la gloria, que “llena de sus gracias a todos aquellos que son dignos de ellas, presentes y ausentes” [Carta al Capítulo general, 2 y 3, p. 57 s.]

El estado de gracia, necesario para recibir fructuosamente el pan eucarístico, es expresado con un concepto original, hondamente teológico, que sólo puede entenderse teniendo en cuenta la doctrina del santo sobre el “Espíritu del Señor”, [...] y su concepto dinámico de la inhabitación del Espíritu Santo encada cristiano:

El Espíritu del Señor, que mora en sus fieles, es el que recibe el santísimo cuerpo del Señor. Todos los que no participan de ese espíritu y se atreven a recibirlo, comen y beben su propia condenación (1Cor 11,29). [Avisos, 1. p. 40]

La época de san Francisco señala en momento del gran descenso en la práctica de la comunión frecuente. Obedecía, en gran parte, a la pérdida progresiva del sentido comunitario de la Misa y también al sentimiento de indignidad del cristiano de la Edad Media, pecador y creyente,; añadamos el desarrollo de la casuística penitencial, que hizo cada vez más complicada la reconciliación que debía preceder a la participación eucarística. El mismo san Francisco hubo de contentarse con comulgar muy de tarde en tarde.

Pero se hizo apóstol de la fe en la presencia real, que tanto había de ir creciendo en el curso del siglo XIII. [...]

Es el tema central de cinco de las cartas suyas que se conservan.

Francisco y Domingo ante el Cardenal Hugolino.
"Dichoso el siervo que con tanta humildad se comporta entre sus súbditos como cuando está con sus prelados y señores". (San Francisco, Admonición 24)