Como es sabido, en los siglos XII y XIII, ante los problemas y escándalos eclesiales existentes, no pocos movimientos evangélicos tomaron una actitud contraria a la Iglesia. Les parecía infiel al Evangelio que ellos querían vivir.

Francisco aunque era consciente de los fallos de la Iglesia, siempre quiso permanecer en plena comunión eclesial. Aquella Iglesia concreta era para él el espacio privilegiado donde resonaba la auténtica Palabra de Cristo y donde, a través de los sacramentos, proseguía Jesús su obra salvífica.

Encuentro de Francisco con Domingo de Guzmán
"Estad siempre dispuestos a reverenciar y servir a los prelados y clérigos de nuestra Madre la Iglesia". (San Francisco, Testamento de Siena)