Deshabitado y ruinoso el Convento e Iglesia de San Francisco, se emprende la tarea de devolverles a su antiguo esplendor, no ya como perteneciente a su antigua demarcación aragonesa, sino formando parte de la de Valencia, durante el provincialato de Fray Camilo Jordá, que rige la Provincia desde 1898 hasta 1901. Justamente en su último año de ejercicio como ministro provincial, llegan a Teruel los primeros religiosos para gestionar la apertura y habitabilidad del convento.

Junto a  la animosa empresa de reorganizar la presencia de la Orden en Aragón, de tan larga ausencia, se pretende incluir en el proyecto llevar desde Valencia, ya restaurada, revitalizar también la Orden en la demarcación, igualmente próxima y abandonada, de  Mallorca. Se trataba de Provincias franciscanas que en su día habían formado una misma unidad fundacional, con centro de gestión en  Zaragoza.

Los religiosos de ambas Provincias, la aragonesa y la mallorquina, al momento de la exclaustración,  se habían diseminado en su mayor parte, por tierras de misión, y entre los sobrevivientes, faltó la iniciativa y creatividad necesarias de alguien capaz de alzarse con ánimo esforzado y coraje para emprender la ingente tarea de reanudar, casi sin mimbres, la vida conventual interrumpida por la exclaustración. La empresa mallorquina tropieza con dificultades insuperables, y se pasa a intentarlo entonces en Aragón con el mismo propósito renovador, que pudo tener mayores logros, si hubiera cuajado la oferta del convento que la Provincia de San Gregorio de Filipinas tenía en Huesca, lugar que quedaba demasiado a trasmano de la Provincia valenciana, aún en ciernes, dados los difíciles medios de locomoción y proximidad de la época.

Teruel es el lugar más idóneo para llevar a cabo la empresa y no se ahorran esfuerzos para iniciar el camino. La incipiente comunidad franciscana que ha de gestionar la apertura del convento turolense, se traslada a esta localidad el día 17 de agosto del año 1900. La forman los religiosos fray Agustín Fortea, fray Jaime Salas y fray Manuel Civera, con los hermanos fray Francisco Ibiza, y fray Francisco Oliver. En principio, a falta de lugar donde morar, son acogidos, por gracia y cortesía del prelado, en el palacio del Sr Obispo, D. Juan Comes y Vidal. La autoridad municipal, a su vez, hecha la permuta de la iglesia por un edificio que se les edificaría en la Ronda de Ambeles para escuelas y almacén, hoy Archivo Municipal, -condición establecida para poder cedernos la iglesia-, se hace cargo del derribo del ruinoso convento adosado a la misma. Se desvive en la gestión de todos los engorrosos preparativos hasta llegar a esta permuta, por Real Orden, el M.I.Sr. Dr. D. Antonio Buj, deán de la catedral.

Previamente, había dirigido los trabajos de derribo y descombro del viejo y noble convento de traza gótica D. Pablo Munguió, arquitecto municipal a la sazón. La reconstrucción del nuevo, sin embargo, corre a cargo del religioso franciscano fray Maseo Company. La nueva concepción del convento, más humilde, armoniza más con la condición franciscana de la observancia conventual. No tendrá ya el edificio el porte noble y ostentoso del anterior de 1492.

Para todo trámite, no faltaron apoyos en ningún momento, y es obligado destacar el interés mostrado, como ya hemos apuntado, por el deán catedralicio D. Antonio Buj y la ayuda económica que presta desinteresadamente al proyecto la bienhechora Dª. Ricarda González de Liria.

Se nombra nuevo superior de la fraternidad franciscana a fray Jaime Salas, cuando se abre al fin sus puertas el nuevo edificio conventual a la primera promoción religiosa, el día 3 de octubre de 1902. Al día siguiente, se vuelve a celebrar la festividad de nuestro Padre Fundador, san Francisco, en oratorio particular, al permanecer todavía cerrada al culto la iglesia, presidiendo la misa el Sr. obispo y predicando y corriendo la predicación a cargo de D. Antonio Buj. Un año después, se abre al culto la iglesia conventual, no sin antes haberla adecentado, retirando de ella los escombros barrocos de la desafortunada reforma que en el siglo XVIII había desfigurado el interior de la magnífica obra gótica de piedra sillar. Habían transcurrido 67 años desde que los últimos religiosos tuvieron que abandonar su convento, forzados por la infausta orden de exclaustración de Mendizábal.

El día 29 de agosto, se celebra con toda la solemnidad posible y enorme regocijo, la festividad de nuestros Mártires san Juan de Perusa y Pedro de Saxoferrato, co-patronos de la ciudad “en la monumental iglesia restaurada”. “Fueron trasladados en procesión solemne las reliquias insignes de dichos Mártires desde el Monasterio de Santa Clara, donde habían estado depositadas por espacio de 68 años, a la Iglesia de San Francisco, oficiando el excelentísimo Sr. Obispo y asistiendo el Ilustrísimo Cabildo, el Capítulo de Racioneros, los Cleros Parroquiales, la Nobleza y Autoridades, con gran número de fieles hijos de Teruel” (Acción Antoniana, Valencia, 1029). Dieron esplendor al acto, que era tanto como la apertura a una nueva época de religiosidad franciscana en la ciudad, la asistencia de la Venerable Orden Tercera, con su ministro D, Manuel Perales, presbítero, y la Hermandad de los Santos Mártires, con su mayordomo al frente, D. Manuel Perales.

Afortunadamente, no se llegó a derribar la espléndida fábrica de la iglesia, años antes, cuando en 1899 se estuvo a punto de cometer el desatino de venderla en pública subasta, para su derribo y aprovechamiento posterior del terreno,  intento que no llegó a cuajar, gracias a “las activas y eficaces gestiones” del diputado a Cortes por Montalbán, Sr. Ariño, según recordaba hace poco la prensa local (Diario de Teruel, 25 de enero de 2009).